L'analyse microscopique peut s'appliquer à tous les tissus et cellules des organismes vivants.

Les différentes étapes dans lesquelles BiodOxis peut intervenir sont les suivantes :

Le recueil des tissus et des cellules se fait par chirurgie, par des prélèvements guidés ou après euthanasie.
Après leur prélèvement, les tissus et les cellules à examiner sont congelés ou conditionnés dans des fixateurs appropriés.

Les techniques de congélation (azote liquide, isopentane, congélation à - 80°…) ou de fixation (formol, alcool, acide-alcool, liquide de Bouin…) sont choisies en fonction des objectifs de l'étude.
Les tissus fixés sont le plus souvent étudiés après inclusion en paraffine.

Les caractéristiques morphologiques des tissus et des cellules sont mises en évidence par des techniques de coloration.
Les colorations standard permettent d'analyser les structures cellulaires, les rapports entre les différents types de cellules et les substances intercellulaires.
L'histochimie met en évidence des composants chimiques ou enzymatiques intra ou intercellulaires.
L'immunohistochimie identifie des substances antigéniques reconnues par un anticorps spécifique.
L'hybridation in situ permet de détecter les acides nucléiques.

La conservation des prélèvements congelés, fixés ou inclus en paraffine permet leur réutilisation et leur réévaluation à la lumière des nouvelles connaissances.

Des analyses quantitatives ou semi-quantitatives et des approches morphométriques peuvent compléter les analyses morphologiques classiques ou immunohistochimiques. Il est ainsi possible de calculer la densité vasculaire, de mesurer des intensités de positivité (en particulier en immunohistochimie), de mesurer des surfaces ou des distances.
L'analyse microscopique des cellules et des tissus prend toute sa valeur dans une confrontation multidisciplinaire des résultats permettant la compréhension fine des mécanismes étudiés.