Le pilotage permet au chercheur de se libérer des multiples contraintes de la sous-traitance et de retrouver un temps précieux pour les activités de recherche proprement dites.

Toutes les prestations de pilotage commencent par une phase de discussion pendant laquelle les attentes, les objectifs et les enjeux sont définis.

Le pilotage peut se faire sur toute l'étude ou sur une partie. Il peut porter sur la rédaction du protocole, sur sa mise en place, sur la recherche des meilleurs prestataires de services, sur le suivi du déroulement de l'étude, sur les examens complémentaires à réaliser (hématologie, biochimie, biologie moléculaire, histopathologie, imagerie…), et sur la collecte des données brutes. Le pilotage peut également veiller à la tenue des délais et au respect des règles de qualité et de sécurité.

Au cours du pilotage l'évolution de l'étude est notée dans des comptes-rendus de suivi fournis selon une périodicité préalablement fixée. Enfin le pilotage se termine par la rédaction d'un rapport technique et il peut se compléter par la rédaction du rapport d'étude.